Khmer Tự do có nguồn gốc từ nhóm vũ trang Issarak (nghĩa là ủng hộ độc lập) hoạt động bên trong biên giới Campuchia trong thời Pháp thuộc sau này. Sơn Ngọc Thành có một thời gian ngắn giữ chức Thủ tướng vào thời kỳ Nhật Bản chiếm đóng Campuchia trong chiến tranh thế giới thứ 2 rồi sau khi Pháp quay trở lại Đông Dương với sự giúp đỡ của Anh vào tháng 9 năm 1945, Thành đã bị Pháp bắt giữ kết án tử hình về các tội ác và phản bội nhưng đã được Sihanouk giải thoát, sống lưu vong ở nước ngoài. Nhiều lần cố gắng giành quyền lãnh đạo phong trào Issarak nhưng đều không mấy thành công.

Sau khi Campuchia giành được độc lập vào năm 1954 dưới thời vua Norodom Sihanouk, Thành đã tổ chức một lực lượng không chính quy mang tên Khmer Tự do nhằm duy trì một cuộc đấu tranh vũ trang chống lại Sihanouk. Hoạt động của Khmer tự do chủ yếu là ở các căn cứ trên biên giới Thái Lan và Việt Nam, tuyển mộ phần lớn dân tộc thiểu số Khmer Krom trên đồng bằng sông Cửu Long và thực hiện chương trình phát thanh bí mật chống Sihanouk. Mặc dù các quan sát viên coi hoạt động của Khmer Tự do như là một phiền toái hơn là một mối đe dọa chế độ Campuchia lúc đó. Có một thời gian Sihanouk đã xử tử nhiều nhất là 1000 quân Khmer Serei khả nghi trong suốt thời gian cai trị của ông.[1]

Khmer Tự do được chính quyền Ngô Đình Diệm trợ giúp gầy dựng từ năm 1959, chủ yếu tuyển lựa từ người Việt gốc Khmer ở các tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long có nhiều người Khmer thiểu số như Sóc Trăng, Trà Vinh... Khmer Tự do tổ chức thành các phân đội, cao nhất là cấp tiểu đoàn. Mục tiêu của Khmer Tự do là lật đổ chính phủ Norodom Sihanouk, thành lập một chính quyền thân Mỹ và Sài Gòn vì cho rằng:Norodom Sihanouk là một Quốc trưởng "không xứng đáng, bê tha truỵ lạc, tham nhũng, phản bội Tổ quốc, tay sai của thực dân Pháp" và chế độ quân chủ của ông:" lạc hậu, áp bức, độc đoán, tham nhũng, ngu dân [2].

Vụ bắt giữ và xử tử Preap In năm 1963, một nhà hoạt động Khmer Tự do, người đã đề nghị đi đến Quốc hội để đàm phán trực tiếp với Sihanouk, là một ví dụ nổi bật của sự đàn áp Khmer Tự do của đảng Sangkum. Việc xử tử In, cựu thành viên của Đảng Dân chủ, được quay và chiếu ở tất cả các rạp chiếu phim trong một tháng, một sự kiện vẫn còn đọng lại trong ký ức của những người Campuchia suốt nhiều năm qua.[3]